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IncRNA測(cè)序分析

產(chǎn)品簡(jiǎn)介

長(zhǎng)鏈非編碼RNA(long noncoding RNA, lncRNA)是一類廣泛存在于生物體內(nèi)、長(zhǎng)度超過(guò)200 nt、不編碼蛋白的RNA。lncRNA在表觀遺傳學(xué)、轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄后等多種水平調(diào)控基因表達(dá)、疾病的病理生理過(guò)程中起著重要的調(diào)節(jié)作用。

lncRNA高通量測(cè)序,采用去核糖體建庫(kù)方法,對(duì)長(zhǎng)鏈非編碼RNA等大RNA進(jìn)行測(cè)序研究,從而快速全面準(zhǔn)確地獲得與特定生物學(xué)過(guò)程(例如發(fā)育、疾病等)所有大RNA轉(zhuǎn)錄本數(shù)據(jù)信息,結(jié)果更全面,可應(yīng)用于細(xì)胞分化和發(fā)育的研究、調(diào)控機(jī)理的研究、疾病標(biāo)志物的尋找、疾病的分子診斷、基因藥物的研發(fā)等。


技術(shù)路線


數(shù)據(jù)分析

lncRNA分析內(nèi)容

基本分析

高級(jí)分析

原始數(shù)據(jù)質(zhì)控及評(píng)估

與mRNA關(guān)聯(lián)分析

lcnRNA表達(dá)水平分析

lncRNA靶基因預(yù)測(cè)

lcnRNA差異表達(dá)分析

個(gè)性化分析

GO和KEGG富集分析

新lcnRNA預(yù)測(cè)


案例展示

Long non-coding RNAs control hematopoietic stem cell function

長(zhǎng)鏈非編碼RNA可調(diào)控造血干細(xì)胞功能

LncRNA是基因表達(dá)的重要調(diào)節(jié)因子,但lncRNA在造血干細(xì)胞的功能不清楚。研究人員通過(guò)對(duì)造血干細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行深度測(cè)序,鑒定出了323個(gè)未注釋的lncRNA,通過(guò)比較已分化的細(xì)胞譜系中的表達(dá),鑒定出了159個(gè)lncRNAs富集在造血干細(xì)胞中,其中一些可能是HSC特異性的。這些lncRNA基因與蛋白編碼基因具有相同的表觀遺傳特征,包括通過(guò)DNA甲基化調(diào)控表達(dá),敲除掉兩個(gè)lncHSCs——lncHSC-1和lncHSC-2,對(duì)HSC自我更新和譜系決定具有不同的影響。這些結(jié)果表明,lncRNA在調(diào)控造血干細(xì)胞功能方面,起著重要的作用。


Luo M , Jeong M , Sun D , et al. Long Non-Coding RNAs Control Hematopoietic Stem Cell Function[J]. Cell Stem Cell, 2015, 16(4):426-438.




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