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產(chǎn)品簡(jiǎn)介

環(huán)狀RNA（circular RNA，circRNA）是一類特殊的非編碼RNA分子，是在轉(zhuǎn)錄過(guò)程中,通過(guò)可變剪接形成的一類首尾相接的環(huán)狀RNA分子。circRNA主要來(lái)源于內(nèi)含子或外顯子，在mRNA前體分子可變剪接加工過(guò)程中通過(guò)反向拼接或套索內(nèi)含子的方式產(chǎn)生，具有進(jìn)化上保守、結(jié)構(gòu)穩(wěn)定以及組織表達(dá)特異性等特征。

研究發(fā)現(xiàn)circRNA可作為競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源RNA（competing endogenous RNA，ceRNA），結(jié)合胞內(nèi)miRNA，阻斷miRNA對(duì)其靶基因的抑制作用。circRNA也可與蛋白形成復(fù)合體調(diào)節(jié)下游的靶基因。另外，circRNA的表達(dá)呈現(xiàn)出很強(qiáng)的組織特異性，也暗示circRNA具有重要的生物學(xué)功能。

與線性RNA不同，circRNA分子呈封閉環(huán)狀結(jié)構(gòu)，不受RNA外切酶影響，表達(dá)更穩(wěn)定，不易降解。因此可通過(guò)去除total RNA中的rRNA和線性RNA分子，特異地富集circRNA分子后進(jìn)行測(cè)序，更有針對(duì)性地分析樣本中circRNA的種類并進(jìn)行表達(dá)定量，結(jié)合生物信息學(xué)挖掘手段，研究circRNA的功能和調(diào)控機(jī)制。

技術(shù)路線

數(shù)據(jù)分析

案例展示

Circular RNA circTRIM33-12 acts as the sponge of MicroRNA-191 to suppress hepatocellular carcinoma progression

環(huán)狀RNA circTRIM33-12作為MicroRNA-191的海綿抑制肝細(xì)胞癌進(jìn)展

復(fù)旦大學(xué)生物醫(yī)學(xué)研究院的研究團(tuán)隊(duì)通過(guò)研究發(fā)現(xiàn)，circTRIM33-12在HCC（肝細(xì)胞癌）組織和細(xì)胞系中下調(diào)。HCC中circTRIM33-12的下調(diào)與惡性特征顯著相關(guān)，并且可作為手術(shù)后HCC患者的總體存活（OS）和無(wú)復(fù)發(fā)存活（RFS）的獨(dú)立危險(xiǎn)因素。CircTRIM33-12在HCC細(xì)胞中的表達(dá)降低增加腫瘤增殖，遷移，侵襲和免疫逃避。

研究表明circTRIM33-12通過(guò)海綿吸附miR-191上調(diào)TET1表達(dá)（DNA雙加氧酶，DNA去甲基化關(guān)鍵蛋白），導(dǎo)致HCC細(xì)胞中5-羥甲基胞嘧啶（5hmC）水平顯著降低。5hmC為DNA去甲基化調(diào)控過(guò)程中重要的DNA修飾，研究表明5hmC作為強(qiáng)組織特異性的表觀遺傳標(biāo)志物，可能是用于腫瘤診斷的更敏感標(biāo)志物。該研究發(fā)現(xiàn)circTRIM33-12調(diào)控5hmC降低，對(duì)circRNA參與DNA甲基化調(diào)控具有重要意義。

Zhang P F, Wei C Y, Huang X Y, et al. Circular RNA circTRIM33–12 acts as the sponge of MicroRNA-191 to suppress hepatocellular carcinoma progression[J]. Molecular cancer, 2019, 18(1): 105.